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结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法的建立与应用

2019.12.11
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184****5725

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【摘要】  目的 建立结核分枝杆菌的荧光定量PCR检测方法,探讨荧光 PCR检测痰标本中结核分枝杆菌的应用价值。方法 根据结核分枝杆菌基因保守序列设计引物和探针,并构建标准品。对102例培养涂阳的结核痰液标本和45例非结核感染者的痰标本,应用荧光定量PCR法、痰涂片抗酸染色法检测结核分枝杆菌。结果 荧光定量 PCR、抗酸染色法检测结核分枝杆菌的特异性分别为100%、30%。结论 荧光定量PCR是一种快速、敏感性高、特异性强的结核分枝杆菌辅助诊断方法,具有重要的应用价值。

       【关键词】  结核;分枝杆菌;抗酸染色;荧光定量PCR

       结核病是严重危及全球的公共卫生问题之一,自1985年以来结核病疫情在全球范围内急剧上升,据世界卫生组织报道,目前全球有近1/3的人感染了结核杆菌,即20亿人口感染了结核杆菌,其中活动性肺结核病人约2 000万,每年新增结核病人约800~1 000万,每年约有300万人死于结核病[1~3]。结核病已成为导致全世界成人因传染病而死亡的主要疾病之一。我国是全球22个结核病高发国家之一,活动性肺结核病人数居世界第二位。据2000年全国结核病流行病学抽样调查估计,全国现有活动性肺结核病人450万,其中传染性肺结核病人150万[4]。结核病防治是我国乃至全球疾病防治的重要课题。目前,出入境人员体检诊断传染性肺结核的主要方法是通过胸部X片检查,加上痰涂片抗酸染色镜检和PPD试验联合检测。由于胸部X片是根据临床症状进行诊断,缺乏病原学依据,加上肺结核与其他肺部疾病在胸片上有相似的地方,容易出现误诊和漏诊;痰涂片抗酸染色的阳性率低,采样不合格标本的阳性率更低,极易出现漏诊;而PPD试验的特异性不强,不能作为确诊肺结核的依据。因此,这三种检测方法的组合模式在检测肺结核上存在着较大的缺陷,易导致传染性肺结核病人的漏诊,而少数肺部疾病或其他部位结核的病人可能出现误诊,降低了出入境人员传染性肺结核监测的效果。分子生物学方法以其简便、快速,特异性高的特点成为结核分枝杆菌检测研究的热点。国内外大量研究证明PCR检测结核分枝杆菌敏感性达到100%,本研究以荧光PCR技术为基础,开发适合传染性肺结核快速诊断模式,结果报告如下。

       1、材料与方法

       1.1  材料

       确诊肺结核病人培养涂阳的结核痰液标本102份。正常人的痰液25份,葡萄球菌、肺炎链球菌、肺炎克雷伯球菌痰液标本共计20份。

       1.2  引物与探针

       根据对NCBI数据库结核杆菌基因序列分析,找出其保守序列,并且在此区域应用Primer5.0 和Primer express 3.0软件设计引物与探针,探针的5’端标以荧光发射基团FAM标记,靠近3’端标以荧光淬灭基团TAMRA标记 (表1) 。Forward Primer:5’TAGGCGTCGGTGACAAAGG3’;Reverse Primer:5’GGGTAGCAGACCTCACCTATGTG3’;Probe:5’CACGTAGGCGAACCCTGCCCA3’。

       1.3  仪器

       ABI公司的ABI7500荧光Real-time PCR仪。

       1.4  痰液DNA提取

       1.4.1  痰液样品的预处理

       吸取待测痰液200μl放入1.5ml的eppendo管中,加入5mol/L NaOH 500μl,混匀,室温中摇动20min。加入1mol/L NaH2PO4 700μl,混匀(起中和作用),10 000rmp离心5min。去上清液,补加TE至100μl,混匀,加入20μl浓度为50mg/ml的溶菌酶。置37℃消化30min。

       1.4.2  DNA的提取

       细胞复合裂解液置65℃水浴中,使其中的结晶溶解。将300μl结晶已溶解的细胞复合裂解液加入到上述预处理好的痰液样品中,混璇器震荡混匀20秒,置65℃水浴中反应20min。加入200μl蛋白沉淀液,上下颠倒5~6次使两者混匀。16 000rmp离心3min。将上清液(约500μl)转移至新的离心管中,加入等体积异丙醇,此时可见透明的絮状物,混匀后16 000rmp离心3min,倾去上清。加入200μl 70%的乙醇溶液,来回倒置,清洗管壁,16 000rmp离心3min。吸去70%乙醇,倒置离心管于干净的滤纸上,乙醇挥发完全,加入30μl DNA溶解液,快速漩涡震荡1~2秒,使沉淀的DNA完全溶解。

 


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