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蛋白质质谱仪类型有多种。1、按分析目的可分:蛋白质化验室质谱仪和蛋白质工业质谱仪。2、按联用方式可分:蛋白质气质联用仪、蛋白质液质联用仪和蛋白质多级质谱仪等。3、按分析规模可分:小型蛋白质质谱仪和大型蛋白质质谱仪。4、按质量分析器的时空属性可分:时间型蛋白质质谱仪和空间型蛋白质质谱仪。5、按质量分析器的工作原理可分:双聚焦蛋白质质谱仪、四极杆蛋白质质谱仪、离子阱蛋白质质谱仪、飞行时间蛋白质质谱仪和傅立叶蛋白质质谱仪等。