离子阱质谱仪种类有多种。
1、按分析目的可分：化验室离子阱质谱仪和工业离子阱质谱仪。
2、按分辨率可分：低分辨离子阱质谱仪、中分辨离子阱质谱仪和高分辨离子阱质谱仪。
3、按联用方式可分：离子阱气质联用仪、离子阱液质联用仪和等离子体离子阱质谱仪等。
4、按分析对象的属性可分：离子阱有机质谱仪、离子阱无机质谱仪和离子阱同位素质谱仪等。
5、按用途可分：离子阱生物质谱仪、离子阱制药质谱仪、离子阱化工质谱仪、离子阱食品质谱仪、离子阱医用质谱仪、离子阱菌体质谱仪、离子阱维生素质谱仪、离子阱啤酒质谱仪、离子阱淀粉质谱仪、离子阱发酵液质谱仪、离子阱矿物油质谱仪、离子阱原油质谱仪、离子阱试验质谱仪和离子阱专用质谱仪等。
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