LncRNA的火热研究已经有几年的时间了，关于lncRNA总归是有说不完的话题。目前对lncRNA的基础分析都已形成了一定的模式。然后，今年来lncRNA的相关文章依然如雨后春笋。
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA， 研究表明，lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensation effect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。
但是lncRNA能够拮抗由同一条基因转录的剪切体mRNA所表达蛋白的机制，这个你们知道吗？
今天X湿兄给大家带来一篇Cell的文章解读，看看别人家的实验室是如何如何根据实验现象，顺藤摸瓜、庖丁解牛之后发现一种全新的lncRNA作用机制的。
（一）细胞现象：紫外线辐射导致细胞转录的起始、延伸都受抑制
众所周知，凡是影响细胞转录和mRNA正常剪切的因素，会对基因的表达以及细胞存货产生致命影响。紫外线的辐射会剧烈抑制RNA聚合酶II的转录起始、以及转录的延伸，但是具体的机制仍然知之甚少。紫外辐射会严重影响RNA聚合酶II的磷酸化过程、改变其结合DNA的TATA box活性，而且还能导致染色质的修饰重塑，这使得与转录相关的DNA损伤应急机制更复杂。
有研究表明①当有环境压力时，细胞RNA的表达会多样化，以应对压力②很重要的一点是，细胞对于前体mRNA的剪切加工都是随着RNA的延伸就开始了。
于是作者对紫外线辐射造成的基因组范围内的转录过程、转录本的剪切方式进行了研究。
（二）紫外线照射导致转录延伸速度立刻下降
1) 检测技术原理：DRB(核苷类似物，导致延伸终止)，然后用global run-on sequencing (GRO-seq)对核内新生8,148个转录本进行测序
2) 结果：①辐射导致细胞的RNA转录延伸停滞，转录本的长度立刻变短②被照射2~12小时后，转录延伸的速度变为约40base/min，是正常速度的1/40。
（三）RNA聚合酶II结合启动子也受到影响
（四）UV辐射诱导不同的转录本形成
作者用二代测序技术检测UV辐射对于转录本剪切方式的影响，作者发现298个基因产生了435个新的转录本。
作者对435个新的转录本进行了分析，发现了6种不同剪切方式，其中alternative last exon (ALE)的转录本最多，占了36%：156 ALE 剪切转录本（105基因），例如基因HERC4、INTS6。
其中78%的ALE转录本长度更短，这也提示ALE short的转录本可能发挥着很大的功能。
（五）这些ALE short对于UV辐射有生理意义吗？
经过分析，84个有ALE short转录本的基因都是和转录过程相关的基因（Gene Ontology数据库），可以大胆滴推断，ALE short估计是为了抵抗UV辐射破坏而产生的，有着重要的生物学意义。
作者又把这些基因和转录相关的DNA损伤应急反应相关的因子数据库进行交叉打分，惊人地发现其中有28个基因的评分最高，得到最高分的叫做ASCC3.
（六）顺铂、喜树碱、UV辐射都倾向于表达ASCC3 ALE short
ASCC3正常转录本的长度是373.5kb，ASCC3 ALE short转录本长度是25kb，共有前三个相同的外显子，而第四个外显子是ASCC3 ALE short所特有的。
把细胞暴露于顺铂和喜树碱条件下，也有相似的结果，这说明这种加工方式是一种普遍存在的应急方式。
（七）UV辐射后ASCC3蛋白阻碍转录过程（siRNA验证），而ASCC3 ALE short却促进
作者通过siRNA验证了ASCC3 long转录本阻碍了转录。
而ASCC3 ALE short转录本对转录过程却有着促进的效果。
作者又通过CRISPR/CAS9将ALE效应敲除，ASCC3 ALE short无法转录，但是ASCC3 long依然正常表达，结果发现细胞很难再UV辐射后恢复转录。
（八）ASCC3的长短转录本是相互拮抗的吗？
作者尝试从更多的基因转录水平去验证。
①
ASCC3 ALE short敲除株：108个基因的表达下调了
②
ASCC3 long敲除株：107个基因的转录本上调了
（九）ASCC3 ALE short作为非编码RNA行驶作用
①
ASCC3 ALE short是可以表达蛋白序列的，但其表达的蛋白经验证不参与转录调控
②
作者构建了转录ASCC3 ALE short的载体，但是人工地在翻译起始就加入了终止子，保证蛋白无法表达，结果发现，ASCC3 ALE short依然能够发挥功能
③
而且作者用探针原位杂交的方式发现ASCC3 ALE short都集中在细胞核中，敲除了ASCC3 ALE short则没有相应的定位出现。然而ASCC3 long却即出现在细胞核中，也出现在细胞质中。
此案最终可以结案了：ASCC3 ALE short作为非编码RNA发挥功能。
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