1 ) 新鲜细胞：
裂解液的量不足，使得裂解不充分。
2 ) 新鲜组织：
某些含有内源性核酸酶的样品，很难避免RNA酶的降解，建议采用的方法为在液氮条件下将组织研碎，并且，匀浆时采用更多的裂解液。
3 ) 冷冻样品：
样品取材后应该迅速置于液氮中冷冻存放，然后转移到-70℃冰箱存放。如果未经液氮速冷直接转移到-70℃冰箱存放，会造成RNA缓慢降解。样品研磨后，在液氮刚刚挥发完时，将样品迅速转移到含裂解液的容器中，立即混匀匀浆。
4 ) 外源 RNA 酶的污染：
试剂、器械等实验用品应该采用DEPC 水灭菌处理。
5 ) 内源 RNA 酶的污染：
抑制剂失效或者用量不够，实验样品过多或者匀浆温度过高。
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