发酵罐对50L以下的罐体清洗需松掉上盖螺丝和各连接处，拆下发酵罐上盖，卸下接种帽、补料孔塞、消泡剂探头和各预留孔塞等，用抹布清洗擦试每个部件，用自来水冲干净。用软毛刷刷洗盖子、盖与罐体的接口处、罐内壁和搅拌机封处，用自来水冲尽残渣和残液，冲洗时要用水桶收集冲洗水。检查皮圈并用抹布清洗干净（如有老化，及时更换并记录），然后依次将部件配好，将发酵罐盖上，对称旋紧固定螺钉，通空气保压检查密封性，如有漏气及时卸压，并检查漏气的地方进行处理和解决。并将操作内容记录。对50L以上的罐体清洗需松掉投料盖，接种帽、补料孔塞、消泡剂探头和各预留孔塞等，用抹布清洗擦试每个部件，用自来水冲干净。打开电源视灯，检查罐体内壁有无大块的渣等杂物存在，如果有，用专用的工具将杂物取出。
1.用软毛刷刷洗盖子内壁、盖与罐体的接口处、罐内壁和搅拌机封处，用自来水冲尽残渣和残液，冲洗时要用水桶收集冲洗水。检查皮圈并清洗干净（如有老化，及时更换），然后依次将部件配好，通空气保压检查密封性，如有漏气及时卸压，并检查漏气的地方进行处理和解决。并将操作内容记录。碱洗预清洗检查完毕，泄压后，打开进料口，用清水将发酵罐注满。估算加水体积进行记录。按每升洗水加入NaOH片碱10克或NaOH工业碱25毫升，按实进行记录。
2.关闭进料口，开启搅拌，转速300rpm，搅拌均匀后，用夹套升温至90－95℃，保温1h。将操作内容记录在清洗表格中。冷却至50℃以下时，将罐内碱液从底阀排出。用有盖的塑料桶先把碱液蓄好，以备回收甲醛。用足够的自来水冲洗罐内残留的碱，直至流出的冲洗液PH为中性为止。将操作内容记录在清洗表格中。甲醛熏蒸碱洗后按下列程序熏蒸一次。此步骤适用染菌发酵罐批碱洗后，适用正常发酵第10批碱洗后，适用发酵罐停用一个月以上恢复使用时。
3.如果要清洗时，在表格中“否”的位置打勾，并做好相关记录。否则在表格中“是”的位置打勾，跳过此步操作。尾气装置的安装：将排气口、取样口、放料口阀门连上塑胶管，塑胶管直通尾气瓶，瓶内装满三分之二的1%碱液（可采用回收碱液）。碱洗完成后，关闭罐体底阀，然后往罐内加入自来水覆盖掉罐内的蒸汽管出口即可，每10L体积的发酵罐加入37%的工业甲醛50mL，记录甲醛用量关闭投料口，注意接好尾气装置（甲醛有毒，避免吸入），缓慢搅拌使溶液均匀，转速100rpm。往发酵罐内直通蒸汽升温至90－95℃关闭蒸汽阀门，密闭保温30分钟，注意发酵罐不要超温和超压。
4.后打开排气阀一点点，通蒸汽到100℃保温30分钟，排出的蒸汽收集在尾气瓶里。保温完毕后，关闭蒸汽进阀门，缓慢从排气口泄罐压，保持尾气装置。用自来水冲洗发酵罐内壁，从发酵罐底阀排干发酵罐，关闭发酵罐所有的进出口阀门。空罐灭菌缓慢往发酵罐内直通蒸汽，控制发酵罐的排气阀门，保持罐压在0.11mpa，升温至121℃，并保温1小时。保温完毕后，关闭蒸汽，从排气口泄罐压(保持尾气装置)，卸压完毕保持排
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