ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（二）

案例解析

案例1：ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物

原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma

期刊：Nature Materials  影响因子：39

本篇文章由美国加州大学圣地亚哥分校教授张康与广州中山大学附属肿瘤医院院长徐瑞华团队一同合作完成，通过对比肝癌患者血浆、组织及健康人白细胞中ctDNA甲基化分布情况，发现肝癌患者体内血浆和组织一致性很高。通过1,098位肝癌患者和835位健康者的ctDNA甲基化情况及病理信息为资源库，建立了疾病预测分析模型，结果显示该模型基因的特异性、敏感性与肿瘤状态、诊断反应和时期显著相关（P＜0.001）。与此同时，作者还构建了诊断结果预测模型，该模型的基因可用于预测疾病诊断和生存时期的分子标志物（P＜0.001）。总的来说，ctDNA甲基化作为分子标志物，在肝癌诊断、患者生存和进展过程中发挥着重大意义。

图1. 在前期建模结果中找到10个差异甲基化基因，用于肝癌的早期诊断检测，特异性高达85.7%以上

图2. 聚类图显示ctDNA甲基化可区分疾病和正常组

图3. ctDNA甲基化应用：区分疾病与正常组、成瘤与否、治疗前后对比、手术后是否复发、癌症的分期和进一步确定传统分子标志物的准确性

案例2：ctDNA羟甲基化可作为人类癌症诊断的分子标志物

原文：5-Hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers

期刊：Cell Research 影响因子：15

本篇文章由复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作，检测了不同癌症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术，在全基因组范围内，检测癌症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的癌症类型包括肠癌、胃癌、胰腺癌、肝癌、甲状腺癌，检测组织类型包括癌症及癌旁组织、血浆和白血球。结果发现，5hmC主要分布在基因组的转录活性区，可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时，5hmC对特定癌症类型高敏感，如肠癌和胃癌。总的来说，ctDNA羟甲基化检测为日后仅通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。

图1. 不同类型疾病，ctDNA羟甲基化都可用于分子标志物研究

图2. ctDNA羟甲基化可区分组织类型   

图3. 在肠癌和健康组中，单个基因羟甲基化水平的一致性很高

图4. 肠癌的不同分期中，ctDNA羟甲基化水平不同

图5. 胃癌及肠癌的ctDNA羟甲基化检出率很高

样本要求

1）样品类型：血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。

2）样品量：

血清或血浆：≥5mL;

体液：请详询。

3）样品保存：

血清、血浆、体液样品，可用液氮速冻后-80℃保存，样品保存期间避免反复冻融。

4）样品运输：样品置于1.5 mL管中，封口膜封好，干冰运输。