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反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。
反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。
反应体系中有 PCR 反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。