生物安全柜排风系统的HEPA过滤器对于直径0.3 μm的颗粒截留效率为99. 97%,对于更大或更小颗粒截留效率为99. 99%，从而确保排出的是完全不含有微生物的空气，从而保护环境;进人生物安全柜内的空气送至工作台面前经HEPA过滤器从而在柜内形成百级洁净度的环境，从而保护了样品;经生物安全柜前窗口进人的空气与柜内下送风在前窗口共同形成气幕，从而保护了操作者本人与操作对象不被交叉污染。
二级生物安全柜是目前应用为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2011生物安全柜》中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4 个级别：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员、环境和产品的保护。
A1 型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.38m/s。70%气体通过HEPA 过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排出。
A2 型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s。70%气体通过HEPA 过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排出。
二级B2型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏出实验室。其前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)。
B1 型70%气体通过排气口HEPA 过滤器排除，30%的气体通过供气口HEPA 过滤器再循环至工作区。
B2 型为100%全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制，可以操作挥发性化学品和挥发性核放射物作为添加剂的微生物实验。
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