报告基因（reporter gene）是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因，其表达产物非常容易被鉴定。把它的编码序列和基因调节序列相融合，在调控序列控制下进行表达，从而利用它的表达产物来标定目的基因的表达调控。
作为报告基因必须具备的条件：
（1）全序列已测定
（2）表达产物在手提细胞中不存在，即无背景，在被转染的细胞中无相似的内源性表达产物
（3）其表达产物能够进行定量测定
报告基因的种类很多，根据对其表达产物的分析检测方法的不同，可将其分为体外报告基因和体内报告基因。前者的分析需要在含有报告分子的细胞裂解液或细胞、组织培养液（分泌型报告基因）中进行报告分子的定量。较典型的有氯霉素乙酰基转移酶基因（CAT）、人生长激素基因（hGH）及分泌型碱性磷酸酶基因（SEAP）等。后者的分析可以在活的细胞或组织中，或在已经组化固定的组织或细胞中进行。较典型的如绿色荧光蛋白基因（GFP）。而β-半乳糖苷酶基因（β-Gal）和萤火虫荧光素酶基因既可以在体外分析也可以在体内分析。
常用的报告基因系统：
√ 半乳糖苷酶报告系统
√ 荧光素酶报告系统
√ 荧光蛋白报告系统：
可溶性蛋白，性质稳定；
荧光基团相当明亮；
荧光在活细胞中即可观察，不需要固定和组织加工；
GFP基团和目的基因做成融合蛋白后，可以通过转染的方法在细胞中稳定表达；
表达GFP融合物的细胞能够在生活状态进行实验和检测。
报告基因 | 优点 | 缺点 |
氯霉素乙酰转移酶基因 （CAT） | 在哺乳动物中没有内源性活性；可用自动化的ELISA方法检测 | 线性范围窄；灵敏度相对较低；需要使用放射性同位素 |
β-半乳糖苷酶基因（β-Gal） | 蛋白稳定；生物或化学发光检测灵敏；不需要使用同位素 | 在哺乳动物细胞中有内源性活性 |
人生长激素基因（hGH） | 属于分泌型报告蛋白；操作简便 | 灵敏度相对较低；线性范围较窄 |
分泌型碱性磷酸酶基因（SEAP） | 化学发光检测法非常灵敏；线性范围较宽；价格便宜 | 在某些细胞中具有内源性表达；与筛选的化合物相互干扰 |
荧光素酶基因（Luciferase） | 灵敏性好；线性范围宽；没有内源性表达；测定方法简便 | 蛋白的半衰期较短；常规分析重复性差 |
绿色荧光蛋白基因（GFP） | 自发荧光（不需要底物）；没有内源性表达；有多种突变体可应用 | 需要翻译后加工；敏感性较低（没有信号的放大） |
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