LC-MS可以通过采集质谱得到总离子色谱图。由于电喷雾是一种软电离源,通常很少或没有碎片,谱图中只有准分子离子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供结构信息。很难用来做定性分析，可以用来定量分析。但单级MS如果不用软电离源，而是EI之类的话，就有碎片峰，可以提供分子结构信息。
LC-MS/MS采用串联质谱，既能得到分子离子峰，又有碎片离子峰，因而可以用来进行定性和定量分析。
一个基本相似之处是：他们的应用领域都适用于液相适用的领域。
质谱的最大特点是：它本身是有质量信息的，是可以靠这个质量信息定性或提供定性的一些依据的（还需要其它的一些定性仪器）。其次，质谱本身也有一个分离作用，就是按照质量的分离，如果液相分离了一次，那LC－MS就分离了两次，而LC-MS/MS就分离了三次，LC-MS3就分离了四次....（3级以上是离子阱质谱的特点）。
LC-MS和LC-MS/MS（或MSn）的最大区别是：如果你关心的结果是你样品中的主成分，而且是你已经知道的目标物，比如质控、有机合成后看一下纯品、部分的农药全分析工作、药物合成中前导化合物的指导（合成一锅就打一针看看合成得对不对）等等，都可以用LC-MS。因为它很便宜，操作也很简单。即时有些东西液相没分开，但只要你关心的是主成分，影响都不大。通过调整一下液相条件，或做完扫描图直接看提取离子图，或做SIM都可以。这些领域用LC-MS/MS是大材小用，花这么多钱是浪费。
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