1、概念不同：GC-MS是气相色谱和质谱联用，GC分离，MS检测；LC-MS是液质联用，LC是分离，MS是检测；
2、精密度不同：LC-MS-MS是液相色谱-串联质谱，比LC-MS更精密一些；
3、物质不同：HPLC又称“高压液相色谱”、“高速液相色谱”，是可以分离和检测溶解在溶液中的微量物质。
LCMS基本原理和特性
1、LCMS的特性：是HPLC和MS的结合，有两者的功能，又没有两者精确。
2、流动相方法：常见0-30，0-60，10-80，30-90四种方法，0，10，30都是指乙腈的含量，乙腈含量越大，流动相极性越小，出峰越靠前。
3、正离子源适用于碱性化合物：含氮化合物更容易粘附氢正离子，在正离子源中容易出分子离子峰。负离子源适合酸性化合物：酸性化合物更容易轰击掉氢正离子，如酸，酚类化合物。
另外M-56(脱叔丁基）和M-100（脱Boc），M-16（脱NH3)和M-17（脱水）以及M+2/2（比较常见），其他少见。
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