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用随机寡核苷酸引物从mRNA合成cDNA探针

2020.8.10
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

实验方法原理 本方案以 poly(A) + RNA 作为模板,通过随机引物反应合成 cDNA 探针,这类探针可用于 cDNA 文库的差异筛选。

实验材料 反转录酶反转录酶缓冲液随机脱氧核苷酸引物模板 mRNA

试剂、试剂盒 乙酸铵DTTEDTA乙醇HClNaOH酚氯仿胰 RNA 酶抑制剂SDS Tris-CldNTP 溶液

仪器、耗材 冰水浴Sephadex G-50 离心柱水浴或加热板

实验步骤

一、材料


1. 缓冲液与溶液


乙酸铵(10 mol/L)


DTT (1 mol/L)


EDTA ( 0.5 mol/L,pH 8.0)


乙醇


HCl ( 2.5 mol/L)


NaOH ( 3 mol/L)


酚:氯仿(1:1,V/V)


胰 RNA 酶抑制剂(20 单位/μl )


SDS ( 10% m/V)


Tris-Cl ( 1 mol/L,pH 7.4)


2. 酶和缓冲液


反转录酶


10X 反转录酶缓冲液


3. 核酸与寡核苷酸


含有 dATP、dGTP 和 dTTP 各 20 mmol/L 的 dNTP 溶液


dCTP ( 125 μmol/L)


长度为六或七个碱基的随机脱氧核苷酸引物


模板 mRNA


4. 放射性化合物


[α-32P] dCTP ( 10 mCi/ml,比活性为 >3000 Ci/mmol)


5. 专用设备


冰水浴


Sephadex G-50 离心柱,平衡于 TE(pH 7.6)


预热至 45℃、68℃ 和 70℃ 的水浴或加热板


二、方法


1. 将 1 μg poly(A)+RNA 转移至消毒的微量离心管。用无 RNA 酶的水将溶液的体积调至 4 μl。盖紧微量离心管盖,于 70℃ 加热 5 min,然后迅速将离心管转至冰水浴中。


2. 在微量离心管的冷溶液中加入:


10 mmol/L DTT                                    2.5 μl


胎盘 RNA 酶抑制剂                              20 单位


随机脱氧寡核苷酸引物                          5 μl


10X 反转录缓冲液                                 2.5 μl


20 mmol/L dGTP、dATP 和 dTTP 溶液  1 μl

 

125 μmol/L dCTP 溶液                          1 μl


10 mCi/ml [α-32P] dCTP


( 比活性为 > 3000 Ci/mmol)                  10 μl


无 RNA 酶的水                                     加至 24 μl


反转录酶(200 单位)                          1 μl


3. 加入下列试剂以终止反应:


0.5 mol/L EDTA ( pH 8.0)                1 μl


10% (m/V)SDS                          1 μl


充分混合管中的试剂。


4. 在反应管中加入 3 μl 3 mol/L NaOH,68℃ 温育混合物 30 min 以水解 RNA。


5. 使反应混合物的温度冷却至室温,加入 10 μl 1 mol/L Tris-Cl(pH 7.4)以中和溶液,混匀,然后加入 3 μl 2.5 mol/L HCl。取极小量液体滴在 pH 试纸上,以检测溶液的 pH。


6. 用酚:氯仿抽提纯化 cDNA。


7. 用离心柱层析或在 2.5 moI/L 醋酸铵存在下用乙醇选择性地沉淀放射性标记的探针以与未掺入的 dNTP 分离。


8. 用三氯乙酸(TCA)沉淀法或 DE-81 滤膜结合法来确定放射性标记 dNTP 掺入的比例。


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