有了所有的重折叠筛选方法，你还必须获得某种读出（readout)来显示哪种条件最有效 。最好的情况是你的目标蛋白质是已知的酶，且很容易分析。你只需将你溶解的蛋白质稀释至不同的重折叠缓冲液中, 等待一些时间以完成重折叠(通常为数小时），然后取一部分稀释的溶液分析其酶活性。
如果你想检测各种条件对重折叠 GFP 这样的荧光蛋白的影响就更简单了，因为只有当 GFP 折叠正确时荧光才能恢复，而且在折叠中和折叠后也很容易通过合适的荧光平板读取器进行测量。这给蛋白质重折叠的教学提供了非常好的训练方法，并且已被用于冷泉港的蛋白质培训课程中(R .Burgess、N. T h o m p s o n 、R . C h u m a n o v ，未发表的结果）。
然而，近来研究的大部分蛋白质既不是酶，也没有简单的生物学分析方法。如何知道哪种重折叠条件效果最好呢，下面的操作方案已经被使用并取得了巨大成功的 (R. C h u -m a n o v 和 R. Burgess, 未发表的结果）。 该操作流程相当普通, 利用了蛋白质聚集导致的溶液的浑独（Tre’saugues et al.， 2004; Vincentelli et al.， 2004)。
(1) 准备洗涤过的包涵体，溶解于前面提到的几种不同的离液剂中, 并离心除去不溶物 。蛋白质浓度应当为3〜5 m g /m L 。
(2) 根据你认为可能起作用的变量和添加剂，准备一套待测溶液。
(3) 用移液器吸取 10 uL 溶解的蛋白质，将 其 移 人 9 6 孔微量滴定板（Linbro, 平 底 ，聚苯乙烯)的合适数目的孔中。
(4) 加 人 190 uL 待测的重折叠溶液, 在室温下用移液器上下混匀数次以进行 2 0 倍的瞬间稀释。
(5) 等 待 15〜60 min, 读 取 320 nm 的吸光度。溶液是不吸收光的，但蛋白质聚集物会散射光从而降低测量到的透射光的量。这种方法效果很好，因为波长越短，光的散射越强 ，蛋白质在320 nm 没有吸收，而320nm 又是我们可以使用的最短波长，因为平板会对更短的波长有很大的吸收。在 320 nm 塑料导致的空白孔的吸光度大约为0.2 , 可以用溶液浑浊导致的表观吸光度读数减去该值以得到校正的浊度。
(6) 可以使用减去平板吸光度后得到的吸光度数值对溶液编号作图, 这样可以看出哪种溶液的浊度最低。校正后的浊度值一般为 0 .0 〜0 .4 。 我们常常发现多种条件都可以得到低的甚至是为零的校正浊度。使用不同的溶解试剂, 如6 m ol/L 盐酸胍、8 mol/L尿 素 或 〇• 3% 十二烷基肌氨酸钠将蛋白质变性通常会得到稍有不同的结 果 。
(7) 选 择 2 种 或 3 种可以直接上样 (经过过滤)至分析性分子筛色谱柱(A N S E C ，见本 章 5. 7 节)的最好条件。为了在大规模重折叠中真正有用，其同时还必须能够直接上样至合适的离子交换层析柱，其盐浓度应约为 0. I m o l / L N a C U 将溶液(约 200uL ) 从相应的孔中取出，用注射器式滤器过滤或用微量离心管离心, 上样至12 m L 的 A N S E C 层析柱 。一个能够得到低浊度和经 A N S E C 层析柱分析大部分为单体的条件就是可能用于目标蛋白质大规模重折叠的条件
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