如若发生保留时间漂移，首先需要考虑流动相是否已使色谱柱达到充分的平衡。一般情况下，流动相平衡色谱柱需要10-20个柱体积；但如果流动相中有使用弱酸、弱碱、缓冲盐和离子对试剂，则需要更长的时间来平衡色谱柱。还有可能是流动相受到污染（水是最容易受到污染的流动相成分），存在于流动相中的小分子污染物会在色谱柱中慢慢富集，从而也会造成保留时间的漂移。
不同填料、不同键合相的色谱柱，其固定相的稳定性也有所区别。如：普通硅胶填料色谱柱的耐受pH范围为2-8；聚合物基质色谱柱耐受pH范围在1-14；有机无机杂化硅胶填料的耐受pH范围能达到1-12.5。即使在推荐的pH范围内使用色谱柱，随着进样次数的增加，使用时间的延长，也会造成键合相的水解脱落。水解速度与所使用的流动相类型和配体有关。相比于单官能团配体，双官能团配体和三官能团配体的键合相更加稳定；长链键合相比短链键合相要稳定；烷基键合相比氰基键合相更加稳定。
色谱柱也是分析试验中的耗材，所以在使用过程中需要按照说明书进行相关维护。当保留时间漂移严重时，很有可能是色谱柱寿命已到，需要及时进行更换。
在分析试验中，液相色谱柱不但会吸附待测组分，同时也会对流动相携带的其他物质产生吸附。造成色谱柱污染的来源可能是：流动相试剂瓶、流动相本身、仪器连接管路、进样器、泵和密封垫，以及样品本身所携带的杂质。样品基质中如果含有保留性很强的污染物，就可能是待测组分保留时间产生漂移的根源。如：环境水样中的腐殖酸、血清中的蛋白和脂类化合物以及配药中的赋形剂等。这些样品中的污染物会在色谱柱的前端进行富集，导致保留时间漂移，同时也会伴有柱压的升高。
可以通过SPE、QuEChERS等前处理方法对样品进行净化，去除样品中的杂质和污染物。此外，可以通过使用保护柱来避免污染物与分析柱的直接接触，或者通过反冲色谱柱来除去污染物（月旭科技绝大多数色谱柱都可以进行反冲）。
流动相组成成分的变化也会引起保留时间的漂移，如流动相中易挥发组分的流失、变质等。
于进行过封尾处理的反相色谱填料，当使用接近100%的水为流动相时，会发生分离突然丧失、待测组分保留减弱，甚至不保留的现象，此种情况就是疏水坍塌。原因是100%的水相不能浸润反相色谱填料，挽救的办法是先用含大量有机相的流动相浸润色谱柱，再用分析流动相进行平衡。色谱柱长期储存也会发生此种现象。使用嵌有极性基团的反相柱（如Ultimate polar-RP）或者未进行封尾处理的色谱柱可以有效避免发生坍塌现象。
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