1、色谱柱平衡
如果观察到高效液相色谱保留时间漂移应首先考虑色谱柱的平衡，在每次运行前给足够的时间来平衡列平衡通常需要10~20柱的流动相，但如果在流动相中加入少量的添加剂(如离子对试剂)，则需要很长时间才能平衡流动相污染；
也可能是原因之一在流动阶段溶解的少量污染物可能会在柱上慢慢累积，造成滞留时间的漂移。需要注意的是，水是一种容易被污染的流动相成分。
2、固定相稳定性
即使在推荐的pH范围内使用，固定相的稳定性也受到限制。
例如，当所述二氧化硅基片是优选pH4的水解稳定性和流动相的水解速率和相关配体的类型。双官能和三官能配位体配体是比接合的单官能配体更稳定;短链键合的长链键合相比较稳定;相比要稳定得多烷基键合氰基键合相。
色谱柱的频繁清洗也加速了色谱柱固定相的水解。其他硅胶基质键合相也可以在水溶液中水解，例如氨基键合相。
3、色谱柱污染
另一个造成滞留时间漂移的常见原因是柱污染。
高效液相色谱(HPLC)是一种非常有效的吸附过滤器它可以过滤和吸附流动相携带的任何物质污染源可为流动相本身、流动增容剂、连接管、泵、采样器及仪表垫片、样品等。
它通常可以测定污染的实验源。如果样品被保持在有较强的成分的柱，它可能是潜在来源的保留时间偏移。这些根通常是样品基质，如：药物赋形剂，生物样品（例如血清）蛋白和化合物的脂质，淀粉食品样品，环境水的样品，如腐殖酸。
通常，样品中的强保留组分具有高分子量。在这种情况下，保持时间漂移将随着背压的增加而增加。采用固相萃取（SPE）和其他样品前处理方法，可以去除样品基质。避免柱污染的最简单的方法是防止它相比之下要找出问题所在并设计有效的清洁步骤来去除污染物则困难得多。
强溶剂通常在给定的色谱条件下使用，但不是所有污染物都能在流动相溶解。例如，THF可以去除反色谱柱中的许多污染物，但蛋白质不能溶解在THF中。二甲基亚砜通常用于从反相色谱柱中去除蛋白质使用保护柱是一种非常有效的方法。反冲柱只是最后的手段。
4、流动相组成
流动相组成变化缓慢也是造成停留时间漂移的一个共同原因。如果流动相中的挥发性组分等于流动相中的挥发性组分，则应防止蒸发、反应等引起的流动相变化。
保留时间重现性好或坏的表现液相的重要指标，同样的事情两次不超过15秒以上的保留时间差，可以被看作是超过半分钟保留时间偏移，则不能定性。
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