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临床上碱性磷酸酶染色法对以下疾病有鉴别意义：
类白血病反应显著增高，慢性粒细胞白血病 （无继发感染） 显著减低；急性细菌感染伴白细胞增多时，积分显著升高，病毒性感染时多正常；真红细胞增多症积分升高，继发性红细胞增多者则正常，而阵发性血红蛋白尿症则减低；再生障碍性贫血患者明显升高，淋巴细胞白血病往往积分升高，但该病成熟的中性粒细胞较少，较难判断。
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