2.2.1 多聚酶链反应检测法
PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性—退火—延伸三个基本反应步骤构成。
① 模板DNA的变性：模板DNA经加热至93 ℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备。
② 模板DNA与引物的退火(复性）：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55 ℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合。
③
引物的延伸：DNA模板—引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成1条新的与模板DNA链互补的半保留复制链，重复循环变性—退火—延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成1个循环需2～4
min，2～3 h就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。检测HIV
RNA，需要先利用逆转录反应将RNA转录为cDNA，继而以cDNA为模板进行PCR扩增即可，这样的反应称为RT－PCR。
2.2.2 实时荧光定量PCR技术
实时荧光定量PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
本技术的原理是使用荧光基团标记探针，5′端标记荧光基团R，3′端标记淬灭基团Q，在没有PCR扩增时，由于荧光基团和淬灭基团空间距离很近，使荧光基
团被淬灭，不发荧光；而当PCR扩增时，引物与荧光标记的特异性探针同时结合在模板上，荧光标记的探针与模板的结合位置位于上下游引物之间，利用Taq酶
的5′3′外切酶活性，将荧光探针水解，荧光基团被释放出来，由于在空间上与淬灭基团分开，则发出荧光。发出的荧光可以被荧光探头检测到，一边扩增，一边检测，这样就实现了“实时”检测。该技术不仅实现了PCR从半定量到定量的飞跃，而且与常规PCR相比，它具有特异性强、自动化程度高、有效解决了PCR污染问题等特点。
2.2.3 支链DNA检测法——ｂDNA
ｂDNA是定量检测血浆中的HIV 1型RNA的一种方法。bDNA是指人工合成的带有侧链的DNA片段，在其每个侧链上都可以标记被激发的标记物。将HIV的RNA通过离心从病毒颗粒中释放出来，然后用捕获探针1将其捕获到微孔中。捕获探针2与病毒RNA的另一部分特异结合，又与预放大探针结合。后者再与放大探针即bDNA探针杂交。两套靶探针分别与病毒RNA的pol基因的不同区域特异结合。在微孔中形成了HIVRNA寡核苷酸复合物。再加入1种化学发光底物孵育后可放大化学发光信号。通过发光强度来定量，因为发光强度与样品中HIVRNA含量成比例。bDNA不存在扩增物的交叉污染，这较PCR是一大进步。bDNA有数十个覆盖整个基因组的探针，可以方便地检测HIV某些变异株，但灵敏度不及PCR，提高bDNA灵敏度是一大难点。
2.2.4 核酸序列依赖性扩增法(nucleic acid sequence based amplification, NASBA)
NASBA是由一对引物介导的、连续均一的、体外特异性核苷酸序列等温扩增RNA的新技术。反应在42 ℃进行，可在2 h内将RNA模板扩增约109倍。NASBA原理是提取病毒RNA，加入AMV逆转录酶、RNA酶Ｈ、Ｔ7RNA聚合酶和引物进行扩增。整个反应分非循环相和循环相：在非循环相中，引物Ｉ与模板RNA退火后在AMV逆转录酶的作用下合成cDNA，形成RNA：DNA杂合体，随即RNaseH降解RNA，引物Ⅱ与cDNA 退火，在反转录酶作用下合成第2条DNA互补链。双链DNA可在T7RNA聚合酶的作用下，经其启动子序列起动而转录RNA，RNA又可在反转录酶的作用下反转 录成DNA，进入循环相，对模板进行大量扩增。
2.2.5 转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification, TMA)
TMA技术原理与NASBA基本一致，略有不同之处是TMA利用的是MMLV逆转录酶及T7 RNA聚合酶两种酶，MMLV逆转录酶既有逆转录酶的活性又具有RNA酶Ｈ活性。反应在 41.5 ℃进行，可在1 h内将RNA模板扩增约109倍。
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