定量PCR一般有两条路，一条是探针，另一条是染料。因染料是普遍适用的，无需特异设计，费用也相对低廉，故用者更多。定量PCR中的染料通常是SYBR Green I，但它也并非完美。SYBR Green I对PCR有抑制作用，在实验中的使用浓度很低，且与富含GC的序列优先结合。因此，后续的熔解分析只能判断PCR扩增产物中是否存在引物二聚体及其他非特异性的扩增，而不适合HRM分析。
于是，研究人员也在不断尝试新品，来替代SYBR Green I。南澳大利亚大学药学和医学院的高级讲师Paul Monis在定量PCR中一直使用SYTO 9。他谈到：“我早在2000年就开始使用SYTO 9。它比SYBR Green更好。它不会引起PCR抑制，对DNA熔解曲线分析更佳。我们也评估了一些新染料，但它们都不及SYTO 9。”
首页
