在实际的产业化中，分子诊断仪器的通量往往至关重要。对于qPCR而言，由于引物设计的成熟和荧光通道的多样性，往往可以比较好的实现高通量检测。由于恒温核酸扩增技术引物设计较为困难，单一的反应温度会造成引物和模板，引物与引物之间的非特异性链接和扩增，使得恒温扩增的检测通量受到限制。但同时也得益于反应温度的单一化，我们可以通过设计多个反应槽来弥补通量不足的遗憾。
过去几十年间，若干恒温核酸扩增技术发展迅速，如环介导恒温扩增（LAMP）技术，链置换（SDA）恒温扩增，解旋酶（HDA）DNA 恒温扩增，重组酶聚合酶（RPA）扩增和切刻内切酶（NEAR）恒温扩增。
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