对于痰标本培养确定分离菌是否为可能的感染菌最简单和最直接的证据就是痰标本涂片，首先感染菌会导致白细胞大量增加，其次由于感染早期（细菌/真菌）启动非特异性免疫因子中中性粒细胞是最主要的免疫细胞，吞噬和包裹现象是反映细菌与机体免疫系统的相关性的最重要的信号，观察这一现象有助于区别是感染还是定植。
俞云松教授认为 ：定植和感染区别是比较困难的，是大家一直都在讨论的问题。现有方法很有限，采用下面的方法可能对定植与感染的判断有一定价值：通过痰涂片证明标本是合格的，再看吞噬细胞内或者周围是否有革兰染色为成对排列的球杆菌，如果有提示这个可能是感染的鲍曼不动杆菌，如果能结合定量培养更好。
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