扫描电镜按结构和用途可分为透射式电子显微镜、扫描式电子显微镜、反射式电子显微镜和发射式电子显微镜等。
扫描电镜常用于观察那些用普通显微镜所不能分辨的细微物质结构，主要用于观察固体表面的形貌，也能与X射线衍射仪或电子能谱仪相结合，构成电子微探针，用于物质成分分析；发射式电子显微镜用于自发射电子表面的研究。因电子束穿透样品后，再用扫描电镜成像放大而得名，它的光路与光学显微镜相仿，可以直接获得一个样本的投影。
通过改变物镜的透镜系统人们可以直接放大物镜的焦点的像，由此人们可以获得电子衍射像，使用这个像可以分析样本的晶体结构，在这种扫描电镜中，图像细节的对比度是由样品的原子对电子束的散射形成的，由于电子需要穿过样本，因此样本必须薄。样本的厚度可以从数纳米到数微米不等。
原子量越高、电压越低，样本就必须越薄。样品较薄或密度较低的部分，电子束散射较少，这样就有较多的电子通过物镜光栏，参与成像，在图像中显得较亮。反之，样品中较厚或较密的部分，在图像中则显得较暗。如果样品太厚或过密，则像的对比度就会恶化，甚至会因吸收电子束的能量而被损伤或破坏。
扫描电镜的操作步骤及日常维护、保养注意事项如下：
1、去掉防尘罩，打开电源。
2、将试样置于载物台垫片，调整粗/微调旋钮进行调焦，直到观察到的图像清晰为止。
3、调整载物台位置，找到要观察的视场，进行金相分析。
4、扫描电镜调焦时注意不要使物镜碰到试样，以免划伤物镜。
5.当载物台垫片圆孔中心的位置远离物镜中心位置时不要切换物镜，以免划伤物镜。
6、亮度调整切忌忽大忽小，也不要过亮，影响灯泡的使用寿命，同时也有损视力。
7、所有（功能）切换，动作要轻，要到位。
8、关机时要将亮度调到小。
9、非专业人员不要调整金相显微镜照明系统（灯丝位置灯），以免影响成像质量。
10、更换卤素灯时要注意高温，以免灼伤；注意不要用手直接接触卤素灯的玻璃体。
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