药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。
药物基因组学临床应用的机遇与挑战
药物反应个体差异的发现和遗传机制的证实，为改变药物治疗模式提供了重要的理论依据。使传统的“千人一药，千人一量”的用药模式向“因人用药，量体裁衣”的新模式转化成为可能。遗传药理学和药物基因组学的研究，将使21世纪的用药模式发生根本改变，即根据病人的基因结构，特别是发生变异的基因结构，有针对性地选择药物和给予病人适合的剂量。
随着对基因变异与药物疗效个体差异之间关系研究的日益深入，发现如果要将药物基因组学的研究结果应用于临床实践，必须要克服许多障碍。
一、药物基因组学研究的设计和阐释
有关临床表型（如药物反应）和基因变异或一系列基因变异之间存在相关性的文献报道逐年增加，但是许多诸如此类的关联性研究结果在后续的研究中没有得到重复，其中假阳性的关联是一个常见的原因。另一个原因可能来源于所研究患者的差异，如种族性或对研究终点的定义。与其它诊断方法一样，遗传药理学的检测也只有当其预测值建立时才能够实行。
二、基因测定的管理问题
政策方面的问题包括基因分型测定的管理机制、在大型临床试验前后新药研发要融入药物基因组学分析的程度、信息是否要包含在说明书里以及如何表述才能给医生和病人提供信息等。美国FDA已经开始收集药物研发过程中的基因多态性信息，此举有助于对上述问题的阐述，此外，有一些药品的说明书内已经开始提供药物基因组学的信息。
三、基因组学新技术的发展
临床医生做决定时需要非常准确可靠的基因信息，并且能够及时获得。以慢性疾病高血压的治疗来说，当疾病确诊并开始启动药物治疗时，医生就需要已经获得相关的基因信息。这一领域的技术发展非常快，但如果要将一个人的全基因组进行测序，并且分析结果可以用作治疗决策，还需要大概5～10年的时间。这需要费用更低的测序方法、合适的信息管理系统和新的基因组信息统计分析方法。
四、伦理学问题
基因变异和病理生理学上的改变存在相关性这一发现引起了相应伦理学问题的产生，富含基因变异的个人或群体是否会遭受到歧视，比如保险公司拒绝承保。
五、教育
人类基因组是个新的资源，将其应用到临床实践还需要做大量的培训工作。即使是一些常见的并且研究明确、对疾病和药物治疗有重要影响的基因位点，被临床广泛接受的进程也比较慢。这一方面反映了培训沟通的失败，另一方面也说明缺乏明确的研究结果，可以让医生明白在开具处方前对基因信息的了解有助于提高治疗效果。
六、费用
基因型检测工作开展慢的另一个原因是由于成本效益研究数据的有限性。成本效益研究是一个比较复杂的问题，不仅与基因分型测定本身的费用有关，而且与看护病人和药物治疗并发症等产生的费用有关。
尽管目前遗传药理学的临床实践还存在一些挑战，但随着研究的不断深入和新技术的飞速发展，以及药物基因组学知识在医药从业人员中的普及，科学的个体化药物治疗不再是一个期望。
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