在质粒载体中进行平末端片段的克隆

1．分别设立两个反应，用适当的限制性内切核酸酶消化1~10μg质粒DNA和外源DNA片段，使它们能产生平末端。
2．苯酚：氯仿抽提与乙醇沉淀法纯化出已被消化的载体和外源DNA片段。
3．分别用TE（pH 8.0）重新溶解纯化出的两种DNA沉淀，使终浓度为100 ng/ml。 假设1 bp相当于660 Da，计算DNA的终浓度（pmol/ml）。
4．将载体DNA去磷酸化。
5．按下表将适量的DNA转移至无菌的0.5 ml离心管：
   

¹ 载体DNA已进行去磷酸化
² 外源目的DNA可以连接接头。
3 连接反应中，质粒载体和插入的DNA片段摩尔比一般为1：1。DNA的总浓度应约为10ng/μl。
 
a.       A、B和C管中加入：
   10×连接缓冲液      1.0μl
   T4噬菌体连接酶      0.5 Weiss单位
   5 mmol/L ATP        1.0μl
   H₂O                  补至8.5μl
   30%PEG 8000          1~1.5μl
b.      D、E和F管中加入：
   10×连接缓冲液      1.0μl
   5 mmol/L ATP         1.0μl
   H₂O                  补至8.5μl
   30%PEG 8000          1~1.5μl
   不加DNA酶
 
6．连接反应体系置于16℃水浴温育过夜或20℃水浴温育4 h。
7．用每份稀释的连接产物转化感受态大肠杆菌。转化时，应包括用标准方法制备的已知量的超螺旋质粒DNA作为对照，以检查转化效率。

¹ 去磷酸化
² 未去磷酸化
³ 如果出现来自去磷酸化的载体DNA自身连接产物的转化子，是由于用碱性磷酸酶处理时未能除尽5’端的磷酸基。