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基因诊断的分子生物学基础(一)

2021.5.24
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

基因诊断操作的对象为基因或其片段。基因是遗传学上的一个概念,是在染色体上占有一定的位置,表现一定功能的基本单位。基因的物质基础是脱氧核糖核酸(DNA)(有些病毒的基因是核糖核酸,RNA)。原核细胞(如细菌和病毒)的基因单位较小,其排布一般是连续的。真核细胞的基因一般较大,其排布是不连续的,它被称为插入序列的部分所分隔。

  一、DNA及RNA的化学组成

  DNA和RNA统称为核酸,早在1868年就被瑞士年轻医生米歇尔发现,在真核细胞中,98%以上的DNA存在于细胞核,少量的DNA分布在线粒体中。RNA主要存在于细胞质中,占其总量的90%左右。细胞外液则无核酸存在。对于非细胞形态的病毒来说,或含有DNA,或只含有RNA,因此可按所含核酸类型的不同,将病毒分为DNA病毒与RNA病毒。

  组成核酸的基本单位是单核苷酸,所以核酸又称为多核苷酸。单核苷酸是由磷酸、戊糖及碱基组成。如果戊糖是脱过氧的,则形成的单核苷酸为脱氧单核苷酸。单核苷酸相互缩合形成RNA,脱氧单核苷酸相互缩合形成DNA。下表列举常见的核苷酸及缩写符号。

表1-1 常见核苷酸及其缩写符号

碱 基

核糖核苷酸(缩写)

脱氧核糖核苷酸(缩写)

腺 嘌 呤

腺嘌呤核苷酸(AMP)

腺嘌呤脱氧核苷酸(dAMP)

鸟 嘌 呤

鸟嘌呤核苷酸(GMP)

鸟嘌呤脱氧核苷酸(dGMP)

胞 嘧 啶

胞嘧啶核苷酸(CMP)

胞嘧啶脱氧核苷酸(dCMP)

尿 嘧 啶

尿嘧啶核苷酸(UMP)

胸腺嘧啶脱氧核苷酸(dTMP)

  由于核酸的合成是一个耗能的过程,故参与DNA或RNA合成的脱氧或未脱氧的单核苷酸是三磷酸核苷酸,合成时磷酸键水解释放出能量,以供核酸的合成。

表1-2 三磷酸核苷酸的种类及符号

DNA

RNA

腺嘌呤脱氧三磷酸核苷酸(dATP) 腺嘌呤三磷酸核苷酸(ATP)
鸟嘌呤脱氧三磷酸核苷酸(dGTP) 鸟嘌呤三磷酸核苷酸(GTP)
胞嘧啶脱氧三磷酸核苷酸(dCTP) 尿嘧啶三磷酸核苷酸(UTP)
胸腺嘧啶脱氧三磷酸核苷酸(dTTP) 胞嘧啶三磷酸核苷酸(CTP)

  二、DNA分子结构

  (一)DNA的碱基组成规律

  组成DNA分子的脱氧核苷酸主要有四种,即dAMP,dGMP、dCMP和dTMP(d代表“脱氧”的意思),此外还含有少量的稀有碱基(主要是甲基化碱基)。50年代初,E.Chargaff等人对来自不同生物的DNA进行完全水解,对碱基进行了定量测定,总结出如下规律,一般称它为Chargaff规则。

  1.所有DNA分子中,嘌呤碱总摩尔数等于嘧啶碱总摩尔数,即A+G=T+C,并且以摩尔为单位,A=T、G=C。

  2.DNA的碱基组成具有种属的特异性,即不同生物种属的DNA具有各自独特的碱基组成。

  3.DNA的碱基组成没有组织、器官的特性,即同种生物中不同组织及器官的DNA在碱基组成上是一致的。

  4.生物体内DNA的碱基组成不受年龄、营养状态和环境的改变之影响。在所有DNA分子中A=T、G=C这一规律的发现,为DNA双螺旋结构模型的建立提供了重要的依据。

  (二)DNA的一级结构

  与蛋白质结构相似,核酸的结构也可分一级结构与空间结构进行讨论。核酸的一级结构是指其多核苷酸链中核苷酸的排列顺序。核酸的空间结构是指多核苷酸链内或链间通过氢键等折叠卷曲的构象。核酸的空间结构又有二级结构与三级结构之分。

  DNA是由四种脱氧核糖核酸通过3′.5′——磷酸二酯键彼此连接而成的线形或环状大分子。DNA分子没有侧链。其骨架由脱氧核糖和磷酸组成DNA的一级结构即是DNA多核苷酸链中核苷酸的排列顺序。

  由于生物遗传信息储存于DNA的核苷酸序列中,若能搞清各种生物DNA的脱氧核苷酸排列顺序,则对生命活动本质的认识将有重大意义。

  (三)DNA的二级结构

  目前公认的DNA二级结构是双螺旋结构,这种模型的建立,主要有两个方面的根据。一是前面提到的50年代初E.Chargaff等人对各种DNA碱基组成的定量分析结果。二是Wilkins小组用X光衍射法研究DNA的晶体,测得DNA分子呈螺旋结构。1953年j .Watson和F.Crick通过进一步研究,提出了DNA分子双螺旋结构模型。从而大大推动了分子生物学的发展。

  DNA双螺旋结构模型的要点如下:

  1.DNA分子由两条走向相反(一条5′→3′,另一条3′→5′)但互相平行的脱氧核糖核苷酸链组成,以一共同轴为中心,盘绕成双螺旋结构。

  2.碱基在双螺旋内侧。一条链碱基上-NH的氢原子与另一条链碱基上的氧原子或氮原子形成氢键。氢键总是发生在A与T,G与C之间,前者有两个氢键,后者有三个氢键。这称为碱基配对或碱基互补规律。由此,两条多核苷酸链又可称为互补链。

  3.各碱基对处于同一平面,且垂直于双螺旋的中心轴。相邻碱基对之间尚存在范德华(Van der Warls)引力,从而进一步稳定了双螺旋结构。

  4.双螺旋的直径为2nm,每个螺距为3.4nm,内包含10个碱基对,因此每个碱基对距离为0.34 nm。

  (四)DNA的三级结构

  DNA三级结构是指双螺旋链作进一步的扭曲构象。超螺旋结构是DNA三级结构形式。目前发现许多病毒DNA,线粒体DNA,都是环型双链DNA,而具有超螺旋结构。当超螺旋型DNA的一条链上出现缺口时,超螺旋结构被松开,可解旋形成开环型结构。

  DNA的三级结构与其结合的蛋白质有关。真核细胞染色质的基本结构单位是核小体。核小体是由组蛋白H2A,H2B,H3和H4各二个分子组成的八聚体,外绕DNA形成核心颗粒。连接各核心颗粒的区域称连接区,它是由组蛋白H1及大约60-100个碱基对DNA组成。一个完整的核小体由核心颗粒与连接区组成。各个核小体彼此相联沿染色质纤维的纵轴列成一种串珠状重复性结构。串珠状核小体长链可进一步卷曲,形成螺旋筒结构。在形成染色单体时,螺旋筒再进一步卷曲、折叠。人体每个细胞中长约1.7μm的DNA双螺旋链,最终被压缩8400多倍,分布于各染色单体中。


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