⑴ 能耗较低：因为厌氧生物处理不需要供氧，能源消耗约为好氧活性污泥法的1/10，还能产生具有较高热值的甲烷气(CH4)。每去除1gCODcr可以产生0.35标准升甲烷或0.7标准升沼气。沼气的热值为22.7KJ/L,甲烷的热值为39300KJ/m3，一般天然气的热值为34300KJ/m3 。
⑵ 污泥产量低：因为厌氧微生物的增殖速率比好氧微生物低得多，好氧生物处理系统每处理1kgCODcr产生的污泥量为0.25～0.6kg，而厌氧生物处理系统每处理1kgCODcr产生的污泥量只有0.02～0.18kg。
⑶可对好氧生物处理系统不能降解的一些大分子有机物进行彻底降解或部分降解。
⑷ 厌氧微生物对温度、PH等环境因素的变化更为敏感，运行管理好厌氧生物处理系统的难度较大。
⑸ 水温适应广：好氧处理水温在10～35℃之间，当高温时就需采取降温措施；而厌氧处理水温适应广泛，分低温厌氧(10～30℃)、中温厌氧(30～40℃)和高温厌氧(50～60℃)。
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