根据对O₂的耐受程度，可将厌氧菌分为三大类：
1、对氧极端敏感的厌氧菌：代表菌种为月形单胞菌，这类细菌对厌氧条件要求很高，在空气中暴露10min即死亡，临床上很难分离出。
2、中度厌氧菌：代表菌种为脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌等临床分离常见的厌氧菌。它们在空气中暴露60～90min或在脓汁抽出72h后仍然能分离出来。
3、耐氧厌氧菌：代表菌种为溶组织梭菌。这类细菌不能利用氧，在无氧条件下生长好，而在有氧条件下生长不佳。
按革兰染色法可将厌氧菌分为两类：革兰阴性厌氧菌和革兰阳性厌氧菌。
1、革兰阴性厌氧菌主要包括脆弱拟杆菌属、普氏杆菌属、卟啉单胞菌属及梭形杆菌属等。
2、革兰阳性厌氧菌则包括了一些厌氧的杆菌及球菌。
根据产生芽孢与否可将厌氧菌分类分为两大类：
1、厌氧芽孢梭菌属：破伤风梭菌、产气荚膜杆梭菌、肉毒梭菌和艰难梭菌等。
2、无芽孢厌氧菌：是指一大类革兰氏阳性或革兰氏阴性的杆菌和球菌。如：脆弱类杆菌、韦荣菌属、消化链球菌属等。
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