iPS细胞技术已经取得了举世瞩目的进展。一个个突破性的成果既给我们带来了喜悦，也带来了新的挑战，细胞重编程有望迎来一个新的研究浪潮。尽管iPS细胞有着诱人的应用前景，然而，未来iPS细胞的研究也面临着许多亟需解决的问题：
第1，效率问题。目前，诱导产生iPS细胞的率仍然很低，这与基因导人的方式整合位点、表观遗传学等多种因素有关。这已成为制约iPS从实验室走向临床的大瓶颈。因此，如何提高iPS细胞的制备效率仍是人们普遍关注的问题。
第二，安全性问题。现在诱导iPS细胞通常借助逆转录病毒为载体，将几种癌基因转入分化细胞诱导其成为iPS细胞，而这种方法就有可能会因为外源基因插入细胞基因组，干扰了内源基因的表达，从而诱发癌症。
第三，机制问题。细胞的多能性受到转录因子网络和表观遗传学的复杂调控，那么，仅仅依靠导人的几个转录因子是如何完成这一复杂的任务，从而诱导出具有多能性的细胞呢?深入研究体细胞重编程的分子机制，调控机制以及体外定向诱导分化机制也是未来研究的重要任务之一。
1，逆转录病毒和慢病毒载体导致肿瘤发生的潜在风险需要加以有效防范。
2，需要深入研究比较iPS细胞和hES细胞在细胞生物学特性、 定向分化机制等方面是否具有显著的差异。
3，需建立一种新的方法以避免基因转染或基因转导带来的潜在风险, 如通过某些化学药物或因子激活体细胞中固有的上述转录因子的方式以替换外源性基因转染的方式, 或者用某些因子的短暂性表达代替永-久性导入。
第四，提高制备iPS细胞的效率。需指出的是, iPS细胞研究的突破并不意味着ES细胞研究的衰亡, 因为iPS细胞所使用的转录因子正是来源于ES细胞长期研究的积累。
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