检查培养基是否污染
由于支原体污染的主要来源之一是从实验室外带进来的细胞，建议使用可靠的细胞库提供的细胞。
如果存在应当隔离的支原体污染的细胞，而没有单独的细胞培养箱的情况下，在隔离期内，应使用有盖的塑料细胞培养瓶。不要使用培养板和未密封的培养皿。对怀疑有污染的培养的细胞，应在每天所有其他细胞培养工作结束后再对它进行处理。应使用单独分装的培养基和试剂。强烈建议完工后要对生物安全柜进行消毒。
合理使用抗生素
用于细胞培养的理想的抗生素应能消除所有的污染物，对宿主细胞无毒，而不干扰实验，但没有一种抗生素能满足以上所有的标准。因此，用于细胞培养的抗生素应有限制。相反的，一个良好的无菌操作对于预防污染起着更重要的作用。
细胞培养中的微生物污染是可以通过细胞培养基的混浊或颜色变化检测到。在细胞培养中使用抗生素的情况下，有四种可能：
1.对抗生素敏感。
2.对抗生素耐药。
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