多方面比较，毛细管柱是优于填充柱的。在大多数情况下，都可以选到毛细管柱。这是显而易见的。在我所见过的分析室中，都很少使用填充柱的。至于优缺点如下：
填充柱的精密度应该比较高，但由于其塔板数较低，相似组分难以分离，因此其准确度较低，填充柱可以重新填充，毛细管柱的填充一般人是做不到的；
毛细管柱的理论塔板数要高一些，分离度就比填充柱好。填充柱的负载量比毛细管柱的高一些，这样进样量可以大一些；
一般意义而言，相同固定液的填充柱的分离度较毛细柱差，如果需要分析很复杂的组分，建议选择毛细柱；
毛细管归一定量时，由于存在分流歧视，定量误差大。
填充柱使用较毛细柱复杂。
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