反渗透系统的产水一般存在多项水质指标要求。对于纯水制备系统而言，基本的产水水质指标是以mg/L为单位的含盐量，或以声µS/cm为单位的电导率;对于其他特殊的工艺系统而言，可能还有TOC, COD, pH值、特殊离子含量等指标的要求。
系统产水水质要求一般不存在随时间变化的问题，但由于反渗透系统的脱盐率也受给水温度、给水含盐量、膜元件污染及膜性能衰减等因素的影响而产生变化，系统设计脱盐率应以膜元件寿命后期的严重临时性膜污染状态及给水温度、给水含盐量为背景，以保证产水水质始终达到或超过设计要求。
系统运行时的产水流量指标远较产水水质指标的可控性强，且产水流量与工程用水流量平衡，而产水水质总高于工程用水质。因此在进行系统设计时，设计产水水质指标的裕度一般也高于设计产水流量指标的裕度。
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