FTICR-MS与其他质谱分析仪器最大的不同点在于，它不是用离子去撞击一个类似电子倍增器的感应装置，只是让离子从感应板附近经过。而且对于物质的测定也不像其他技术手段一样利用时空法，而是根据频率来进行测量。利用象限仪（sector instruments）检测时，不同的离子会在不同的地方被检测出来；利用飞行时间法（time-of-flight）检测时，不同的离子会在不同的时间被检测出来；而利用FTICR-MS检测时，离子会在给定的时空条件下被同时检测出来。
FTICR是由英属哥伦比亚大学（University of British Columbia）的Alan G. Marshall 和 Melvin B. Comisarow二位学者发明的。首篇相关论文发表于1974年的《化学物理学》杂志。这一发明的灵感来源于传统的离子回旋共振（ICR）和傅里叶核磁共振（FT-NMR）波谱学。Alan G. Marshall随后在俄亥俄州立大学、佛罗里达州立大学继续丰富和发展了这项技术。
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