在生物除磷工艺过程中，聚磷菌在厌氧池中成为优势菌种，构成了活性污泥絮体的主题，它吸收分子的有机物；同时，将贮存在细胞中聚磷酸盐(Poly-p)中的磷通过水解而释放出来，并提供必需的能量。而在随后的好氧池中，聚磷菌所吸收的有机物将被氧化分解并提供能量，同时，能从污水中摄取比厌氧条件所释放的更多的磷，在数量上远远超过其细胞合成所需磷量，将磷以聚磷酸盐的形式贮藏在菌体内而形成高磷污泥，通过剩余污泥系统排出，而可获得相当好的除磷效果。所以除磷工艺是通过排除富磷剩余污泥实现的。
因此在处理含磷废水采用生物除磷工艺时，废水中的磷最终富集在菌体内的，在剩余污泥处理过程中，通过污泥脱水后外运得以处理。在污泥脱水工艺中，很少会将污泥内的磷释放出来，为了减少外排污染物，需要将污泥脱水过程中产生的废水回流到处理系统前端进行重新处理。
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