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一般分为三个步骤：装柱、加样、洗脱淋洗。装柱是需要注意的是：【1】垂直放置 【2】放置产生气泡 【3】放置柱分层加样时，【1】加样前打开出口，使展开剂流出，至正好露出凝胶上平面时，立即关闭出口【2】加样时，用滴管缓缓沿柱内壁加入柱子【3】打开柱子得出口，使待分离的样品进入柱子。加样完成后，进行洗脱。
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