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凝胶过滤是利用分子大小差异进行分离的。原理是：利用凝胶作为支持物，凝胶具有孔隙，大的蛋白质分子不能进入孔隙，直接被冲洗下来，小分子蛋白以不同程度进入孔隙，所走路径长，不易冲洗下来。所以蛋白得以分离。
电泳是利用所带电荷不同来分离的。带电荷的蛋白以不同速度向相反电级处移动，所带电荷大的移动的快，小的慢。
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