工业纯水设备因具有特点而得到日益应用，而清洗问题却使许多技术力量不强的用户遭受损失。因此，为了减少出现严重的问题，需做好设备的清洗管理工作。
一、低压冲洗
定期对工业纯水设备进行大流量、低压力、低pH值的冲洗便于剥除附着在膜表面上的污垢，维持膜性能，或当设备进水SDI突然升高超过5.5以上时，应进行低压冲洗，待SDI值调至合格后再机。
二、膜元件化学清洗
在正常运行条件下，反渗透膜也可能被无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上会引起工业纯水设备出力下降或脱盐率下降、压差升高，还对膜造成不可恢复的损伤，因此，为了恢复良好的透水和除盐性能，需要对膜进行化学清洗。
一般3～12个月清洗一次，如果每个月要清洗一次，这说明应该工业纯水设备的预处理系统，调整的运行参数。如果1～3个月需要清洗一次，则需要增加设备的运行水平，是否需要改进预处理系统较难判断。
三、停运保护
由于生产的波动，工业纯水设备不可减少地要经常停运，短期或长期停用时要采取保护措施，处理会导致膜性能下降且不可恢复。
短期保存适用于停运15天以下的系统，可采用每1～3天低压冲洗的方法来保护设备。实践发现，水温20℃以上时，工业纯水设备中的水存放3天就会发臭变质，有大量细菌繁殖。因此，建议水温高于20℃时，每2天或1天低压冲洗一次，水温低于20℃时，可以每3天低压冲洗一次，每次冲洗完后需关闭进出口阀门。
长期停用保护适用于停运15天以上的系统，这时要用保护液（杀菌剂）充入工业纯水设备进行保护。常用杀菌剂配方（复合膜）为甲醛10（质量分数）、亚硫酸氢钠1（质量分数）。
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