要看你是什么染料标记了例如临床上，最常用的荧光染料主要有三大种： FITC、PE和PeCy5。肉眼观察，FITC为绿色；PE为橙色； PeCy5为红色。它们都在488纳米被激发。检测波长分别是：FITC是525纳米；PE是575纳米；PeCy5是675纳米。实际上，荧光的变化是在一个范围内。这时候，荧光之间有可能重叠，需要进行荧光补偿的调节。所以可以看到，例如FITC和PE、PI，它们发出的波长有交叉，要想检测FITC，需要把PE和PI的信号去掉，也就是荧光补偿需要调节的意义。在临床上也是常常用两种荧光染料直接染色细胞，从而可以得到细胞更多的信息。例如在检测B细胞和T细胞的时候，可以用CD3和CD19同时加在试剂，可以同时与细胞进行孵育。我们将CD3标记成FITC，CD19标记成PE。有的淋巴细胞只表达CD3，有的细胞表达CD19；这样，我们就可以检测到CD3阳CD19阴的细胞就是T淋巴细胞；而CD3阴CD19阳的细胞就是B淋巴细胞。这样我们能够得到更有效的数据分析。
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