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引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。如果退火温度过高，引物与模板结合差，电泳条带差，甚至没有扩增。如果温度过低，扩增特异性差，杂带较多，背景深。
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