通常来说，退火温度是由引物的GC%含量决定的，但是反应体系的条件改变也会影响引物的退火温度（如Mg,Na等离子浓度）。建议你去http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/分析一下你的PCR体系中的引物退火温度，而不是仅仅由公式计算得出。一般情况下，退火温度过低只会导致反应体系中引物与DNA模板的非特异性结合，致使反应结果中出现大量非特异性结合条带。但是，你所需的产物也应该是包含在其中的，如果完全没有结果，说明你反应体系中其他步骤还存在问题，例如扩增时间等比较关键的步骤。
另：不同的hot taq酶对Tm要求也是不同的。例如今年clontech新出了一种十分nb的hot taq酶，它需要的Tm温度是引物Tm温度再高5度。所以，弄清楚你试剂盒的反应条件要求也是很有必要的...
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