目前，透射电子显微术有几个重要的发展方向。第一，分辨率的提升。分辨率一直是透射电镜发展的目标和方向，发展新一代单色器和球差校正器，进一步提高透射电镜的能量分辨率和空间分辨率，尤其是对低压电镜。第二，发展原位透射电镜技术。原位透射电镜在材料合成、化学催化、生命科学和能源材料领域有着重要应用，可以通过在原子尺度下实时观察和控制气相反应和液相反应的进行，从而研究反应的本质机理等科学问题。第三，更加广泛的应用在生物大分子结构研究中。冷冻电镜在生物大分子结构研究中的广泛应用，将推动冷冻电镜技术的不断发展。冷冻电镜在生物学领域的应用越来越受到重视，成为连接生物大分子和细胞的纽带和桥梁。
从透射电子显微镜的诞生到今天的八十多年来，人们借助透射电镜解决了很多科学难题。透射电镜也在不断发展进步，功能日益全面，性能日益改善，虽然在发展过程中还存在一些问题和挑战，相信在众科研工作者的共同努力下，问题终将解决，透射电镜的各项技术也将进一步发展和突破。
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