1.开机：
质谱仪的开机首先开气，再开机械泵，再打开质谱仪的电源，等真空度达到后再开启分子涡轮泵，等真空度达到后才可以进行调谐校正，一般至少需要抽12个小时才能达到。每次开机后都需要校正后才能使用质谱仪。
2、样品测试过程：
（1）与液相色谱联用时，流动相需要先用<0.45μm的膜过滤，需要区别有机膜和水膜，样品也同样需要过滤或者用>10000rpm的转速离心去掉固体杂质。
（2）流动相不能用难挥发的酸或盐，如磷酸盐和硼酸盐，液相常用的TFA会抑制离子电离，也不建议使用；表面活性剂在质谱中响应很高，尤其是ESI源，所以所有管和器具的清洗不能用洗洁精，用来改善分离和色谱峰形的离子对试剂也应慎用。与质谱联用时建议使用的是甲酸、乙酸、甲酸铵、乙酸铵和氨水等。
（3）根据选用的离子源调整液相方法，ESI源一般用0.3~0.6mL/min，常规HPLC分析柱的规格是5μm，4.6×250mm的，一般流速都是1mL/min，可以采用柱后分流的方式来调整进入质谱的流量。同时要根据进入质谱的流量和样品性质调整雾化气温度和雾化气的流量。
3、样品测试结束后，需要清洗进样管路，清洗后停泵，待离子源温度降低后再选择待机状态。
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