最大的不同是聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）用的蛋白质不做任何变性处理。
SDS-PAGE中的SDS是十二烷基磺酸钠，是蛋白质变性剂，SDS能拆散蛋白质的折叠结构，然后沿伸展的多肽链的表面吸附。使肽链带净负电荷，蛋白质在电场中的泳动速度仅与蛋白质颗粒大小有关。
聚丙烯酰氨（PAGE）凝胶电泳用于蛋白质与寡糖核苷酸的分离。电泳的驱动力靠与蛋白质结合的SDS上所携带的负电荷。蛋白质电泳（一般指SDS-PAGE）根据蛋白分子量亚基的不同而分离蛋白。蛋白质亚基的电泳迁移率主要取决于亚基分子量的大小，电荷因素可以忽视。
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