在灭菌锅内，热的蒸汽不能直接到达的地方就是灭菌的死角，主要有菌袋之间的挤压、菌袋或瓶与外界不通气和锅内设计上的死角。
（1）菌袋之间如发生挤压，其挤压部位的透气性降低，灭菌效果受到影响，为了防止挤压现象的发生，大的灭菌锅内应设有用来分层的架子或先将菌袋放在筐内，并且保持菌袋的高度要略比筐矮，防止挤压，然后再将装有菌袋的筐，摆到灭菌锅里。
（2）菌袋或菌瓶上要有内外通气的结构设计，如棉塞、无棉盖、滤膜、没有彻底扎死的袋口等，保证蒸汽的进入和冷空气的外出，保证灭菌效果的内外一致性。
（3）要保证蒸汽从菌袋的下方均匀向上，要留有蒸汽从灭菌物下方向四周扩散的空间。
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