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CT 主要是看实质性结构的比较多，MRI 看以脂肪等软组织结构比较清晰，一般MRI多用于脑部，而且可以配合其他技术做多功能分析，但问题是价格昂贵，有心脏起搏器等体内磁铁性物质禁忌，钙化灶，骨，肺实质显象不好，而CT比较常用，图像也比较清楚，价钱也比较便宜，配合新技术，功能也越来越强大。
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