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当DAPI与双股DNA结合时,在荧光显微镜观察下，DAPI染剂在358nm(紫外线)处有一个最大吸收峰，并在461nm(蓝)处有一个最大发射峰，其发射光的波长范围含盖了蓝色至青绿色，因此在荧光显微技术中DAPI被紫外线照亮且被蓝或青色滤镜检出。
DAPI也可以和RNA结合，但产生的荧光强度不及与DNA结合的结果，其发射光的波长范围约在400nm左右。
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