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DAPI可用于固定细胞染色，但是因为活细胞染色对DAPI浓度有严格要求，它很少被用于活细胞染色。DAPI能快速进入活细胞中与DNA结合，因此DAPI对生物体而言，也被视为一种毒性物质与致癌物。然而在MSDS中它被标记为无毒。
尽管DAPI没有显现出对E.coli的诱变性，它在机器制造商提供的信息上被认为是一种DNA诱变剂。由于DAPI可以掺入DNA螺旋中，它很有可能有底层的DNA诱变性，因此应小心配置和使用DAPI。
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