人类疾病治疗
硝基呋喃类药物在人类疾病治疗上也有一定的应用，以下是常见硝基呋喃类药物的简单应用介绍。
呋喃妥因（呋喃坦啶）为抑菌剂，多数大肠杆菌、肠球菌对其敏感。血药浓度很低，不适用于全身感染的治疗，临床主要用于敏感细菌所致的泌尿道感染。常见消化道反应如恶心、呕吐、腹泻。偶见药热、粒细胞减少等变态反应及头痛、头晕、嗜睡、多发性神经炎等神经系统症状。6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏者尚可出现溶血性贫血 。
呋喃唑酮（痢特灵）口服吸收少，肠内浓度高。主要用于细菌性痢疾和旅游者腹泻。也可用于伤寒、霍乱等。除胃肠道反应和过敏外，偶可引起溶血性贫血和黄疸 。
呋喃它酮内服后在肠道不易吸收，故主要用于肠道感染，也可用于球虫病、火鸡黑头病的治疗 。
呋喃西林临床仅用作消毒防腐药，用于皮肤及粘膜的感染，如化脓性中耳炎、化脓性皮炎、急慢性鼻炎、烧伤、溃疡等。对组织几无刺激，脓、血对其消毒作用无明显影响 。
畜禽及水产养殖业
硝基呋喃类因为价格较低且效果好，而广泛应用于畜禽及水产养殖业，以治疗由大肠杆菌或沙门氏菌引起的肠炎、疥疮、赤鳍病、溃疡病等。由于硝基呋喃类药物及其代谢物对人体有致癌、致畸胎副作用，个别国家已经禁止硝基呋喃类药物在畜禽及水产动物食品中使用，并严格执行对水产品中硝基呋喃的残留检测。中华人民共和国农业部于2002年12月24日发布的公告第235号及于2005年10月28日发布的公告第560号，硝基呋喃类药物为在饲养过程中禁止使用的药物，在动物性食品中不得检出。自此，在动物饲养过程中使用硝基呋喃类药物成为非法行为。