细胞工厂一般用于细胞的扩大培养，首先在操作前需要根据工厂的培养面积来确定细胞接种的数量。根据细胞瓶中单位面积细胞培养的数量，乘以细胞工厂的培养面积，再除以培养细胞的接种比例即可。其次要准备好细胞培养时所需的工作液，如血清、蛋白酶等。
准备工作做好以后，就可以将液体注入容器内部了，直接通过进液口倾倒就可以，注意控制液体流速，避免产生太多气泡。液体注入完成后将容器向一侧放倒，使得液体均匀分布在各层之间。然后将容器向着没有进/出液口的一端倾斜，使液体在每一层之间均匀的分布。在倾斜的过程中，一定要保证细胞进液一侧同时抬高，一定要避免液体在层间流动，破坏每一层之间的分布。最后，将容器放平，放入合适的培养环境中就可以了。
在操作的过程中要注意，移动细胞工厂时尽量保持水平，避免倾斜导致液体分布不均，影响细胞生长效果。
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