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按照基因芯片上的探针的长度可将芯片分为寡核苷酸芯片和 cDNA 芯片,寡核苷酸芯片以寡核苷酸片段作为探针,而 cDNA 芯片以较长的 PCR 产物作为探针。
按照基因芯片的用途可将芯片分为表达谱芯片和检测芯片表达谱芯片。
应用最广泛的一种基因芯片,主要用于检测基因的差异性表达、寻找新基因和研究基因功能;序列检测芯片广泛用于各种特定基因序列的检测、基因突变和单核苷酸多态性检测,也有人将其用于基因测序。