原位杂交(In Situ Hybridization)也叫原位杂交组化(in situ hybridization histochemistry, ISHH)，是一种固相分子杂交的方法，它是用标记的DNA或RNA为探针，在原位检测组织或细胞内特定核酸序列的方法。探针的种类按所带标记物可分为同位素标记探针和非同位素标记探针两大类。常用的同位素标记物有3H、35S、125I和32P，非同位素标记物中目前最常用的有生物素、地高辛和荧光素三种。探针的种类按核酸性质不同又可分为DNA探针、cDNA探针、RNA探针和合成寡核苷酸探针。
探针的荧光素标记可以采用直接和间接标记的方法。间接标记是采用生物素标记的dUTP(biotin-dUTP) 经过缺口平移法进行标记；而直接标记法是将荧光素直接与探针核苷酸的磷酸戊糖骨架共价结合，或在缺口平移法标记探针时将荧光素核苷三磷酸掺入。
原位杂交术可在原位检测细胞合成某种多肽或蛋白质的基因表达，有很高的敏感性和特异性，已成为细胞生物学、分子生物学研究的重要手段。
荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization, FISH）是一种分子细胞遗传学技术，是20世纪80年代末期发展起来的一种非放射性原位杂交技术。目前这项技术已经广泛应用于动植物基因组结构研究、染色体结构变异分析、病毒感染分析、人类产前诊断、肿瘤遗传学和基因组进化研究等许多领域。FISH的基本原理是用荧光标记的单链核酸为探针，与待检材料中未知的单链核酸进行特异性结合，形成可被检测的杂交双链核酸。可用荧光标记的探针直接与染色体进行杂交从而对基因进行染色体定位。
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